Während des Zweiten Weltkriegs wurden 1939/40 auf dem Gelände des Bauernhofs „Aubrunnerweg“ Kasernen errichtet. Der „Aubrunnerweg“, an dem die Schule heute steht, erinnert noch daran. Im heutigen Schulgebäude befand sich damals die Kommandantur.
Nach Kriegsende wurden die Räumlichkeiten friedlich genutzt.
Um die damalige Wohnungsnot in Linz zu lindern, entstanden in den Kasernen Wohnungen, die vorrangig von Angehörigen des Österreichischen Bundesheeres bezogen wurden. Mit der Fertigstellung der neuen Wohnanlage entstand auch der Bedarf an einer Schule. Der ehemalige Wirtschaftskomplex der Kasernenanlage eignete sich dafür ideal.
Ab dem 5. November 1956 wurden hier vier Expositurklassen der Volksschule St. Magdalena sowie zwei Hauptschulklassen unterrichtet.
Bei der Eröffnung des neuen Schulgebäudes am 10. Dezember 1956 bezeichneten die Zeitungen es als ein „Bundes-Christkind“ für die Linzer.
Besonders gelobt wurde der Architekt für die „hoch ansprechende Gestaltung des Schulgebäudes mit hellen Räumen und geräumigen Gängen“.
Am 8. April 1957 beschloss die Oberösterreichische Landesregierung die Errichtung einer selbstständigen, vierklassigen gemischten Volksschule, der „Gemischten Volksschule 2“.
Das Schuljahr 1957/58 markierte somit das erste Jahr unter selbstständiger Leitung. 146 Kinder wurden von 4 KlassenlehrerInnen, einer Arbeitslehrerin und 3 ReligionslehrerInnen betreut.
Bis zum Schuljahr 1966/67 wuchs die Schule auf zehn Klassen mit 328 SchülerInnen an. Acht Klassen wurden in der neu errichteten Montageschule Dornach-Mengerstraße untergebracht, zwei Klassen blieben im alten Gebäude.
Den Höchststand erreichte die Schule im Schuljahr 1972/73 mit 713 Kindern in 22 Klassen. Die Raumnot wurde durch Wechselunterricht bewältigt. Ab dem Schuljahr 1975/76 wurde die Schule in der Mengerstraße als VS 40 geführt. Die Volksschule Auhof erhielt die Bezeichnung VS 51 und eine eigene Schulleitung.
Das Gebäude wurde um ein zweites Stockwerk erweitert und zwei Turnsäle wurden errichtet.
Im Februar 2022 informierte der damalige Stadtrat Dietmar Prager erstmals die Schulleiterinnen über Pläne zur Zusammenlegung der beiden Schulen. Kurz darauf begann die Entwicklung eines pädagogischen sowie eines Raumnutzungskonzeptes. Beteiligt waren die beiden Schulleiterinnen, die LehrerInnen, Elternvereine und der Hort.
Im Februar 2024 starteten die Umbauarbeiten. Die SchülerInnen der VS 51 wurden zu diesem Zeitpunkt in Containern auf dem Sportplatz der Schule unterrichtet. Aufgrund der Insolvenz der Baufirma WRS stand die Baustelle von September 2024 bis Jänner 2025 still. Nach der Übernahme durch STRABAG wurden die Bauarbeiten schnell wieder aufgenommen, sodass die Schule Ende der Sommerferien 2025 bezogen werden konnte.
Am Montag, 1. September 2025, öffnete der neue Hort Mira-Lobe seine Türen.
Am Montag, 8. September 2025, starteten die LehrerInnen der VS 51, Auhofschule, und der VS 40, Mengerschule, gemeinsam mit ihren SchülerInnen in das erste Schuljahr der neuen VS 27, Mira-Lobe-Schule.